Budowę kanału rozpoczęto w 1911, ale budowę jego przerwała wkrótce I wojna światowa. Budowę kanału wznowiono w 1934 i kontynuowano ją do 1940. Po II wojnie światowej nie podjęto przerwanych prac. Kanał Mazurski łączyć miał jezioro Mamry z rzeką Łyną na terenie obwodu kaliningradzkiego, która jest dopływem Pregoły.