Po 1918 r. w gmachu ulokowano różne instytucje m.in. muzeum i kinoteatr „Stylowy”. W latach powojennych część pomieszczeń przeznaczono na Państwowe Liceum Sztuk Plastycznych. Począwszy od lat międzywojennych Kościół czynił starania o odzyskanie świątyni, w wyniku których w 1993 r., po dwustu latach, Franciszkanie wrócili w jej mury. XIX-wieczne przebudowy znacznie zubożyły budowlę, ale zachowane elementy kamieniarskie, a zwłaszcza korynckie pilastry i barokowy portal na zachodniej ścianie (dawniej główne wejście), przypominają o jej dawnej świetności.
W 1993 r. przywrócono funkcję sakralną obiektu.