14 czerwca 1724 roku wybuchł wielki pożar, który bardzo poważnie uszkodził kościół i kolegium. W ciągu następnych lat aż do 1730 roku zabudowania jezuickie poddano gruntownej renowacji przy współudziale architekta-jezuity Pawła Giżyckiego. Po restauracji świątynia nabrała nowego charakteru. Żeby zachować osłabione przez pożar ściany, obudowano je galeriami i kruchtą z chórem; dobudowano dwie wieże zewnętrzne. Kościół przebudowano w stylu klasycystycznym.