W odrodzonej Rzeczpospolitej „Kozackie Mogiły” były wykorzystywane przez ukraińskich nacjonalistów do organizowania antypolskich imprez i manifestacji. Stały się one, jak pisze autor przewodnika , wydanego jeszcze w czasach sowieckich „symbolem walki o wolność narodu”. W 1930 r. Departament Wyznań MWRiP zaproponował nawet likwidację klasztoru prawosławnego w „Kozackich Mogiłach”, ponieważ, był permanentnie wykorzystywany „przez elementy wywrotowe na demonstracje antypaństwowe”. Stały się one miejscem licznych pielgrzymek w czasie dorocznych odpustów.

Funkcjonowanie „Kozackich Mogił” niewątpliwie przyczyniło się do wzrostu antypolskich nastrojów na Wołyniu, co odbiło się również w nasileniu mordów ludności polskiej w 1943 r. w okolicach Beresteczka.