W trakcie oblężenia Warszawy w 1939 gmach ocalał pomimo poważnych zniszczeń okolicznych budynków. Po wywiezieniu zbiorów Zachęta została przekształcona w Haus de Deutschen Kultur (Dom kultury niemieckiej). Budynek został uszkodzony podczas Powstania warszawskiego. Pomimo przygotowania do podpalenia gmach nie został zniszczony.