W czasie II Wojny Światowej budynek zniszczony został w 1939 i 44 roku, podobnie jak znaczna część Warszawy. Decyzja o odbudowie zapadła w kilka lat później, prace trwały w latach 1947-48. Projekt przygotował Zygmunt Stępiński. Zdecydowano wtedy o przywróceniu XVIII wiecznego wyglądu Pałacu. Rozebrano zniszczoną południową oficynę kamienicy Roeslerów przez co odsłonięto reprezentacyjną fasadę Pałacu, usunięto dobudowany łącznik pałacu z oficyną. Rozebrano znajdujące się na poddaszu prostokątne okienka zastępując je neobarokowymi lukarnami.
https://bi.gazeta.pl/im/ea/6c/d6/z14052586Q,Wypalony-palac-Malachowskiego--w-trakcie-budowy-tu.jpg
https://www.warszawa1939.pl/index.php?r1=senatorska_11&r3=0