Pod koniec lat 40. władze sowieckie zamknęły kościół. Jego cenne wyposażenie zostało zrabowane, a sam kościół ulegał postępującej dewastacji.

Po upadku komunizmu i odzyskaniu w 1990 przez Litwę niepodległości podjęto decyzję o przekazaniu kościoła wiernym w 1994 a następnie rozpoczęciu remontu kościoła i klasztoru, co jednak okazało się zadaniem niełatwym z uwagi na ogromny zakres zniszczeń samego budynku (mury i posadzki) i straty w wyposażeniu; w kościele stał tylko szkielet ołtarza głównego i organów, ambona oraz zdewastowane stalle zakonne.
Wewnątrz kościoła odkryto gotyckie malowidła ścienne.