Po oficjalnym przyjęciu przez Litwę chrześcijaństwa franciszkanie rozpoczęli budowę kościoła i klasztoru poza murami miejskimi, ale już w 1390 roku niedokończoną budowlę zniszczyli Krzyżacy podczas ataku na Wilno.

Nowy klasztor z kościołem pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny stanął w obrębie miasta. Okazały gotycki kościół z pięcioma kaplicami konsekrowano w 1421 roku. W klasztorze mieściło się także studium zakonne. W średniowieczu bracia w Wilnie posiadali najbogatszy na Litwie księgozbiór.