Katedrę grabiły kilkakrotnie wojska nieprzyjacielskie. I tak w latach 1655-1657 (w czasie potopu szwedzkiego) zniszczono wiele dzieł sztuki gromadzonych w świątyni. Szwedzi ponownie zdemolowali kościół w 1702 r.
W czasie zaboru austriackiego planowano zamienienie świątyni na kościół garnizonowy i przeniesienie grobów królewskich do kościoła śś. Piotra i Pawła.
W czasie ostatniej wojny (1939-1945) Niemcy zamknęli kościół, a wiele zabytków zniszczono i zagrabiono.