Opiekę nad kościołem król Władysław Jagiełło powierzył kanonikom regularnym laterańskim, sprowadzonym do Krakowa z Kłodzka. W roku 1410 rozpoczęła się też budowa klasztoru kanoników. W roku 1500 wybudowano szczyt fasady. Dzwonnica natomiast stanęła w latach 1566 – 1585.
Z początkiem XVII wieku (w latach 1612 – 1644) wprowadzono do kościoła wiele barokowych elementów, głównie za sprawą księdza Marcina Kłoczyńskiego, który w ówczesnych czasach pełnił opiekę nad kościołem i zakonem. W tym czasie wzniesiono wieżę przyozdobioną manierystycznym hełmem, wybudowano trzy kruchty nakryte kopułami z latarniami. W kościele Bożego Ciała oglądać można najpiękniejsze stalle w Krakowie.