W latach 1999-2002 wybudowano nowoczesną dwupoziomową, elipsoidalną bazylikę, nad którą góruje 77-metrowa wieża widokowa. Budowla może pomieścić 5.000 osób (około 1.800 miejsc siedzących). W dolnym poziomie kościoła znajduje się kaplica centralna, poświęcona św. siostrze Faustynie, i cztery kaplice boczne, natomiast obok górnej części bazyliki mieści się wolnostojąca postmodernistyczna kaplica Wieczystej Adoracji Najświętszego Sakramentu. W kościele ciągle prowadzone są prace wykończeniowe; nadal brakuje m.in. witraży i organów.
Konsekracji dokonał 17 sierpnia 2002 roku Jan Paweł II, podczas swojej ostatniej pielgrzymki do Polski. Od 6 marca 2003 przysługuje mu tytuł bazyliki mniejszej.
27 maja 2006 roku, podczas pierwszej pielgrzymki papieża Benedykta XVI do Polski, odsłonięto pomnik papieża Jana Pawła II, umieszczony na wieży widokowej przy bazylice. To już siódmy rzeźbiarski monument papieski w Krakowie.
24 czerwca 2007 roku, w 60. rocznicę Akcji "Wisła", w Bazylice uroczyście poświęcono greckokatolicką Kaplicę Pojednania. Uroczystość konsekracji poprowadził arcybiskup większy kijowsko-halicki Lubomir Huzar. Ikonostas i polichromie w Kaplicy Pojednania wykonał profesor Lubomyr Medwid ze Lwowa. Wystrój kaplicy jest darem archieparchii przemysko-warszawskiej oraz innych diecezji Cerkwi Greckokatolickiej.
dodane na fotoforum: