Stacja kolejowa powstała w 1862 roku dla nowo zbudowanej Kolei Warszawsko-Bydgoskiej, jako stacja graniczna między zaborem pruskim i rosyjskim.
W 1879 na dworcu miało miejsce spotkanie cesarza Wilhelma I i cesarza Aleksandra II.
Dworzec kolejowy w Aleksandrowie Kujawskim to XIX-wieczny zabytek i najcenniejszy obiekt zachowanej architektury dworcowej w Polsce. W dodatku to najdłuższy budynek dworcowy w Europie.