Kościół ma bogate wyposażenie, pochodzące z XVI – XX wieku. W ołtarzu głównym łaskami słynący obraz „Pieta”, malowany na desce, wg legendy ofiarowany miastu przez króla Władysława Jagiełłę. W kaplicy zachodniej renesansowy nagrobek Sienieńskich z marmuru i alabastru, z wyrytym w staropolszczyźnie wierszem Mikołaja Reja „Na groby”.