Kościół wraz z klasztorem był pierwszą na Warmii barokową Świątynią zbudowaną w kształcie rotundy.Sanktuarium Maryjne w Stoczku Klasztornym powstało z inicjatywy biskupa Mikołaja Szyszkowskiego (1633-1643) po wyniszczających wojnach Rzeczypospolitej z Rosją, Szwecją i Turcją w XVII w. W latach 1639-1641, wkrótce po podpisaniu pokoju ze Szwedami, powstała w Stoczku okrągła świątynia z kopułą, na wzór rzymskich bazylik, jako dar dla Matki Pokoju. W 1640 r. bp sprowadził z Rzymu kopię obrazu Matki Bożej Śnieżnej.
/kopię obrazu Matki Bożej Salus Populi Romani Ocalenie Ludu Rzymskiego, oryginał w bazylice Santa Maria Maggiore, Rzym/.