Kościół wraz z klasztorem został przekazany dominikanom z pobliskiego klasztoru, później oddano go diecezji.
Po III Rozbiorze Polski kościół przekształcono na cerkwię, co spowodowało znaczne zmiany architektoniczne.
Widoczna dzisiaj gotycka absyda została odbudowana dopiero w 1971 r.
Obecnie w kościele znajduje się słynący na całym świecie z cudów obraz Miłosierdzia Bożego, namalowany według wskazówek bł. siostry Faustyny.