Parafia Stanisława Kostki na Warszawskim Żoliborzu została erygowana w 1927 r. Budowę kościoła ukończono w 1938 r. Podczas wojny świątynia nieznacznie ucierpiała.
Msze za Ojczyznę ,,,
W latach 1974–1987 proboszczem parafii św. Stanisław Kostki był zaangażowany w działalność opozycyjną ksiądz Teofil Bogucki.
W latach 1980-1984 rezydentem w parafii był ksiądz Jerzy Popiełuszko, który od października 1980 roku raz w miesiącu wraz z innymi duchownymi z inicjatywy proboszcza parafii odprawiał w kościele św. Stanisława Kostki Msze za Ojczyznę. W latach 1982-1984 liturgie te stały się manifestacjami patriotycznymi i ściągały tłumy ludzi nie tylko z Warszawy, ale i z całej Polski.
Dwa tygodnie po śmierci księdza Jerzego Popiełuszki, zamordowanego przez funkcjonariuszy komunistycznej Służby Bezpieczeństwa, 3 listopada 1984 w kościele św. Stanisława Kostki odbył się jego uroczysty pogrzeb, który podobnie jak Msze za Ojczyznę ściągnął tysiące wiernych.