Wzgórze, na którym wznosi się kaplica, położone jest na północ od centrum miasta, naprzeciw wzgórza zamkowego. W przeszłości kaplica otoczona była umocnieniami i stanowiła część systemu fortyfikacyjnego pińczowskiego zamku. Ślady fortyfikacji zachowały się od strony północnej i wschodniej.
Kaplica jest zbudowana z miejscowego kamienia, tzw. pińczaka. Wydobywany od XII w. jest cenionym materiałem budowlanym i rzeźbiarskim. Z tego surowca zbudowana jest ogromna część zabytkowych budynków miasta. Kamień ten był powodem, dla którego pracownię kamieniarską właśnie w Pińczowie miał Santi Gucci.