Sama kaplica, podobnie jak znajdujący się nieopodal kościół pw. Marii Panny, jest dziełem architekta Jana Blažeja Santini-Aichel’a, który na początku XVIII wieku przebudował zniszczoną wojnami gotycką budowlę, nadając jej cechy określane później mianem zbarokizowanego gotyku. Dwuwieżowy kościół cmentarny miał dwie kondygnacje. Górną tworzyła właściwa kaplica, dolną zaadaptowano na kostnicę - ossuarium. W tym czasie Santini zaprojektował wnętrze kostnicy tworząc wystrój z kości, pinakle, ołtarze i korony nad piramidami z kości. Wystrój był wówczas uboższy niż obecnie.
W połowie XVIII wieku miejscowe ziemie i okolice przeszły do majątku księcia Szwarzenberga z Orlika. W 1870 roku potomkowie księcia wynajęli rzeźbiarza Františka Rinta, aby udekorował kaplicę i zrobił porządek z zebranymi kośćmi. Mistrz stworzył wystrój magazynu kości, który bez zmian zachował się do dnia dzisiejszego. Choć nikt tego dokładnie nie policzył, podania mówią, że do tego celu miał zużyć 40 tysięcy ludzkich kości z cmentarza znajdującego się wokół kaplicy w tym zmarłych niemowląt. Przed użyciem kości zdezynfekowano i wybielono w chlorowanym wapnie. Z sześciu piramid ludzkich szczątków Rint wykorzystał dwie, a cztery można do dziś oglądać na terenie Kostnicy.