Po kasacie nałożonej w latach 70. XVIII wieku zakon jezuitów ponownie pojawił się w Krakowie w roku 1867. Niebawem jezuici kupili na Wesołej (rejon położony na wschód od Starego Miasta) posiadłość zwaną \"angielskie\", należącą dawniej do założyciela krakowskiego teatru - Jacka Kluszewskiego. Stojący tam piętrowy pałacyk zaadaptowano na tymczasową siedzibę klasztoru.

Budowę nowego kościoła - przy zabudowaniach klasztornych, w miejscu prowizorycznej kaplicy - rozpoczęto w roku 1909. Niestety, do chwili wybuchu pierwszej wojny światowej udało się ukończyć tylko stan surowy. Prace zostały sfinalizowane już w odrodzonej Polsce (1921 r.).