https://www.bocian.org.pl/bocian-czarny/o-bocianie .Jako ptak duży bocian czarny praktycznie nie ma wrogów naturalnych. Jedynym drapieżnikiem zdolnym do zaatakowania dorosłego bociana jest bielik. W ostatnich latach populacja tego ostatniego wykazuje silny wzrost. Bociany najprawdopodobniej opuszczają stanowiska w pobliżu, których zagnieździły się bieliki. Pozostawione bez opieki gniazdo może zostać splądrowane przez kruka lub kunę - ich ofiarą padają jaja lub pisklęta. Niebezpieczne dla jaj i piskląt są też gwałtowne burze w czasie, których może dochodzić do spadania gniazd lub łamania się drzew z gniazdami. Dużo groźniejsze dla trwałości populacji bociana czarnego są czynniki antropogeniczne, czyli działania ludzi.