Kościół został znacznie uszkodzony przez pożar miasta
w 1655 roku, podczas potopu szwedzkiego. Zniszczone zostały m.in. dach i sklepienia. Odbudowa kościoła w stylu barokowym prowadzona była z funduszy przekazanych przez króla Jana Kazimierza i zakończyła się w 1665 roku.
https://pl.wikipedia.org/wiki/Bazylika_%C5%9Bw._Miko%C5%82aja_w_Bochni