Historia nie była szczególnie łaskawa dla tej świątyni. Kościół był dewastowany podczas reformacji oraz w 1678 r przez rozwścieczone tłumy pospólstwa. Podczas wojen napoleońskich mieścił się tu lazaret, kolejnym utrapieniem były władze pruskie, które doprowadziły zabytkową świątynię do ruiny. W 1835 r. przeprowadzono likwidację klasztoru, pięć lat później kościół przekazano księżom diecezjalnym.
Dramatyczne oblężenie miasta z wiosny 1945 r. przyniosło zniszczenie świątyni oraz wielką tragedię kilkudziesięciu gdańszczanom szukającym w zabytkowych wnętrzach schronienia.
dodane na fotoforum: