(1)
Dzięki korzystnemu położeniu w pobliżu ważnych szlaków handlowych niewielka wioska bardzo szybko rozrosła się w znaczący ośrodek handlowy regionu. W okresie średniowiecza miasto stanowiło ważny ośrodek piwowarstwa, handlu solą i tkaninami oraz hodowli ryb. W czasie wojny trzydziestoletniej (1618-1648) do Czeskich Budziejowic zostało przeniesionych część instytucji państwowych z Pragi. Wtedy też w miejscowej katedrze przechowywane było królewskie archiwum, a także czeskie insygnia koronacyjne. W 1828 roku w mieście uruchomiono jedną z pierwszych w Europie kolei konnych. Łączyła ona Czeskie Budziejowice z pobliskim austriackim miastem Linz
